Ce deuxième tome aborde logiquement la question des institutions, dans le droit fil du premier tome définissant un projet pour l'Europe de demain.

Ce rapport propose des réformes institutionnelles guidées par un triple objectif de légitimité, de lisibilité et d'efficacité. Le système institutionnel original de l'Union, qu'il est essentiel de préserver, doit trouver une cohérence renouvelée avec une Commission légitimée et recentrée sur ses fonctions politiques, un Parlement européen responsabilisé devant ses électeurs, un Conseil restauré comme organe de décision et un Conseil européen rétabli dans sa fonction d'impulsion politique. La simplification de la législation européenne doit également être entreprise afin d'améliorer la qualité et la lisibilité des normes et règles opposables aux citoyens, aux acteurs économiques et aux Etats de l'Union.